В восемнадцать лет Маргарита вышла замуж за представителя нового типа русского купечества Михаила Абрамовича Морозова, сына владелицы Тверской мануфактуры Варвары Морозовой. Михаил окончил историко-филологический факультет университета, коллекционировал живопись, проводил время среди художественно-театральной богемы. После свадьбы молодожены много путешествовали. У Маргариты был собственный английский выезд с кучером, одетым по-английски. Очень часто она посещала Большой и Малый театры, бывала на симфонических концертах. Неплохо игравшая Маргарита, пригласила молодого Александра Скрябина для того, чтобы продолжить музыкальные занятия. Она была буквально очарована будущим известным композитором.

У супругов родилось четверо детей. Но в 1903 году судьбе было угодно оставить Маргариту вдовой – Михаил скоропостижно скончался, оставив семье огромное наследство. Таким образом, Маргарите Морозовой пришлось начинать новую жизнь. Богатая, умная, довольно молодая вдова…

Недостатка в поклонниках у Маргариты никогда не было. Она была женщиной интересной и притягательной. Поэт Андрей Белый писал ей восторженные письма и посвящал восторженные поэмы, в которых воспевал ее «неземное существо». Но настоящая любовь ждала ее впереди. С князем Евгением Николаевичем Трубецким красавицу Маргариту соединил журнал «Московский еженедельник» под редакцией Трубецкого, который выходил на средства Морозовой. Это общее дело и положило начало их долгой любви.

Носитель древнейшей фамилии князь Трубецкой был профессором Московского университета, членом ЦК партии Народной свободы, религиозным философом. К моменту знакомства с Морозовой он был женат на княжне Щербатовой в течение двадцати лет и имел троих детей. Считая земную любовь тяжким грехом, он стремился к духовным отношениям. Маргарита любила страстно, бурно, самоотверженно и преданно. Это была единственная любовь в ее жизни.

В те годы Маргарита весьма увлекалась чтением философских сочинений Лотце, Канта и Владимира Соловьева для того, чтобы угодить любимому, дабы в разговоре с ним блеснуть знанием их трудов, а Евгений Трубецкой работал над научным сочинением о творчестве В.Соловьева, в котором видел для себя глубокий интимный смысл. Своей возлюбленной он писал: «Всегда я в этой работе нахожу утешение, потому что она – плод всей моей духовной жизни и потому что она затрагивает смысл моих с тобой отношений».

В 1910 году Маргарита покупает дом неподалеку от имения Трубецкого в Калужской области. Здесь прошло самое счастливое время ее жизни. Они проводили вместесовсем мало времени, очень редко несколько дней подряд, но беспрестанно писали друг другу письма нежные, трогательные, наполненные любовью и теплом.

В это время Маргарита создает и организовывает книгоиздательство «Путь», где вышли в свет сочинения писателей Серебряного века, таких как Булгаков, Флоренский, Бердяев, в нем печатался и сам Трубецкой.

В доме Морозовой проходили заседания «религиозно-философского общества памяти Владимира Соловьева». Маргарита умела дружить – тепло ее уютного дома притягивало к ней самых разных людей. Все что она делала на свои средства, а это вложение средств в развитие различных изданий, финансирование многочисленных концертов, передача Третьяковской галерее картин Ван Гога, Ренуара, Врубеля – было абсолютно бескорыстным. Она не стремилась увековечить свое имя как благодетеля и мецената, а просто делала свое благое дело. Поэтому ее имени нет в каноническом списке меценатов и «покровителей искусств и художеств».

В августе 1918 года Евгений Николаевич Трубецкой попрощался со своей милой сердцу Маргаритой. Как впоследствии оказалось, навсегда. Он уезжал в Добровольческую армию. 23 января 1920 года князь Трубецкой в Новороссийске умер от тифа. Маргарита Кирилловна Морозова после его смерти прожила в Москве еще сорок лет. Однако уже об этом времени ее жизни, к сожалению, ничего неизвестно.